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Siの場合

ディレクトリ「work」に収容された入力ファイル「Si2_k50x50x50.dat」を用いて計算を説明します。 この入力ファイルは単位胞に2原子を含むSiバルクの計算のためのものであり、 SCF計算と伝導度の計算に対してそれぞれ $10\times 10\times 10$ k点と $50\times 50\times 50$ k点が使用されます。 計算は以下のように実行します。

   % mpirun -np 112 ./openmx Si2_k50x50x50.dat
SCF計算を正常に終えた後に光学伝導度の計算が始まります。 その際、標準出力にはメーセッジ「$<$Optical calculation start$>$」が表示されます。

  ******************* MD= 1  SCF=17 *******************
  <Poisson>  Poisson's equation using FFT...
  <Set_Hamiltonian>  Hamiltonian matrix for VNA+dVH+Vxc...
  <Band>  Solving the eigenvalue problem...
   KGrids1:  -0.45000  -0.35000  -0.25000  -0.15000  -0.05000   0.05000   0.15000 ....
   KGrids2:  -0.45000  -0.35000  -0.25000  -0.15000  -0.05000   0.05000   0.15000 ....
   KGrids3:  -0.45000  -0.35000  -0.25000  -0.15000  -0.05000   0.05000   0.15000 ....
  <Band_DFT>  Eigen, time=0.028573
  <Band_DFT>  DM, time=0.024604
      1   Si  MulP   2.0000  2.0000 sum   4.0000
      2   Si  MulP   2.0000  2.0000 sum   4.0000
   Sum of MulP: up   =     4.00000 down          =     4.00000
                total=     8.00000 ideal(neutral)=     8.00000
  <DFT>  Total Spin Moment (muB) =  0.000000000000
  <DFT>  Mixing_weight= 0.020000000000
  <DFT>  Uele   =   -2.418066179485  dUele     =   0.000000000118
  <DFT>  NormRD =    0.000000000011  Criterion =   0.000000001000

  <Optical calculation start>
   CDDF.KGrids1:  -0.49000  -0.47000  -0.45000  -0.43000  -0.41000  -0.39000  -0.37000 ....
   CDDF.KGrids2:  -0.49000  -0.47000  -0.45000  -0.43000  -0.41000  -0.39000  -0.37000 ....
   CDDF.KGrids3:  -0.49000  -0.47000  -0.45000  -0.43000  -0.41000  -0.39000  -0.37000 ....
  <Optical calculations end, time=24.31524 (s)>
  <MD= 1>  Force calculation
    Force calculation #1
    Force calculation #2
    Force calculation #3
    Force calculation #4
    Force calculation #5
  <MD= 1>  Total Energy
    Force calculation #6
    ....
    ...

標準出力から光学伝導度の計算に要した経過時間は約24秒であることが分かります。 計算が終わった後に、以下の関連する出力ファイルが得られます。

   Si2_k50x50x50.cd_re                 real part of optical conductivity tensor
   Si2_k50x50x50.cd_im                 imaginary part of optical conductivity tensor
   Si2_k50x50x50.df_re                 real part of dielectric function tensor
   Si2_k50x50x50.df_im                 imaginary part of dielectric function tensor
   Si2_k50x50x50.absorption            absorption tensor
   Si2_k50x50x50.extinction            extinction tensor   
   Si2_k50x50x50.transmission          transmission tensor 
   Si2_k50x50x50.reflection            reflection tensor    
   Si2_k50x50x50.refractive_index      refractive index tensor


Figure 80: シリコンバルクの(a) 光学伝導度$\sigma _{xx}$と(b) 誘電関数 $\varepsilon _{xx}$。 「Si2_k50x50x50.cd_re」, 「Si2_k50x50x50.cd_im」, 「Si2_k50x50x50.df_re」, 「Si2_k50x50x50.df_im」 の各ファイルの第二列を垂直軸とし、第一列の関数としてプロット。 計算に用いた入力ファイル「Si2_k50x50x50.dat」はディレクトリ「work」で利用可能。
\includegraphics[width=16.6cm]{CDDF-Fig1.eps}


各ファイルの形式はファイルのヘッダー部で分かります。 そこに各物理量の単位も記されています。 例えば、「Si2_k50x50x50.cd_re」に保存された光学伝導度テンソル$\sigma$の実部は以下のとおりです。

# conductivity tensor (real part) , unit = Siemens/meter = Mho/meter = 1/(Ohm*meter)
# index: energy-grid=1, xx=2, xy=3, xz=4, yx=5, yy=6, yz=7, zx=8, zy=9, zz=10, trace=11
#energy-grid(eV)     xx            xy            xz            yx            yy            yz            zx            zy            zz   (xx+yy+zz)/3
  0.00000  16877.3220211  -227.5621843  -227.5697597  -227.5625069  16877.3919038  -227.5042335  -227.5702078  -227.5041190  16877.3911375  16877.3683541
  0.00100  16877.3325817  -227.5625199  -227.5700960  -227.5628426  16877.4024628  -227.5045682  -227.5705442  -227.5044537  16877.4016971  16877.3789139
  0.00200  16877.3431423  -227.5628556  -227.5704323  -227.5631782  16877.4130218  -227.5049028  -227.5708805  -227.5047883  16877.4122567  16877.3894736
  0.00300  16877.3602570  -227.5634100  -227.5709878  -227.5637327  16877.4301338  -227.5054554  -227.5714360  -227.5053409  16877.4293698  16877.4065869
  0.00400  16877.3839257  -227.5641832  -227.5717624  -227.5645058  16877.4537989  -227.5062261  -227.5722106  -227.5061116  16877.4530363  16877.4302536
  ......
  ...

第一列はフォトンエネルギー(eV)、 第二列から順に、 $\sigma _{xx}$$\sigma_{xy}$ などのテンソルの要素が記録されています。 最後の列は対角要素$\sigma _{xx}$$\sigma_{yy}$, $\sigma_{zz}$ の平均値が与えられます。 他の出力ファイルもSi2_k50x50x50.cd_reと同一の形式に従います。 Si2_k50x50x50.cd_re, Si2_k50x50x50.cd_im, Si2_k50x50x50.df_re, Si2_k50x50x50.df_imの 第一列を横軸、第二列を縦軸としてプロットすると 図 80に示す光学伝導度 $\sigma _{xx}$と誘電関数 $\varepsilon _{xx}$ が得られます。