ファイルフォーマットの変換: md2axsf

分子動力学法や構造最適化では、「System.Name.md」に各ステップの構造が保存されます。 「System.Name.md」はxyz形式のため、 OpenMX Viewer [152,151]やXcrySDen [105]で読み込むことも可能です。 ただしXCrySDenでは周期的に拡張された格子を描画することができません (OpenMX Viewerでは「System.Name.md」に 対して周期的に拡張された格子を描画できます)。 周期的に拡張された格子を描画する際には、「xyz」から「axsf」形式への変換を以下の手順で行って下さい。 まずmd2axsfをコンパイルします。

    % gcc md2axsf.c -lm -o md2axsf
  

次に、「System.Name.md」の変換を行います。

    % ./md2axsf System.Name.md System.Name.axsf
  

生成された「System.Name.axsf」ファイルはXCrySDenなどのソフトで可視化が可能です。