制約条件付の構造最適化

構造最適化の際に任意の原子座標を初期座標に固定することができます。 この制約条件はキーワード「MD.Fixed.XYZ」を用いて 各原子の$x$、$y$、$z$座標に対して、以下のように設定します。

   <MD.Fixed.XYZ
      1  1 1 1
      2  1 0 0
    MD.Fixed.XYZ>

上記の例は2つの原子から構成される系の場合です。系に$N$個の原子がある場合、$N$個分の指定が必要です。 第1列は「Atoms.SpeciesAndCoordinates」で個々の原子を特定するのに使用した連番です。 第2〜4列は、それぞれ$x$、$y$、$z$座標のフラグです。フラグが「1」の場合には座標を固定、「0」の場合には緩和されます。 上記の例では、原子1の$x$、$y$、$z$座標は固定、原子2は$x$座標のみが固定されています。 デフォルトでは全ての座標が緩和される指定になっています。 このキーワードによる原子座標の固定は、すべての構造最適化および分子動力学の方法において有効です。 制限条件付の構造最適化は大規模な系の局所構造の精密化にとって有用でしょう。