Top Page > Browsing
Band unfolding with rotated structures
Date: 2024/06/21 00:20
Name: Antonio Crepaldi   <antonio.crepaldi.lanza@gmail.com>

Dear OpenMX developers and users,

I'm trying to unfold the bandstructure of a monolayer MoS2 supercell that is not an integer multiple of the unit cell (i.e. it is not an NxN supercell).
While I do not have problems with NxN supercells, when considering this rotated supercell, unfortunately, the code results in 

Cannot assign atoms in the reference cell properly! Could be due to more than one same atom in the reference cell!
Check the input file, maybe the structure is highly disordered or you need to set the reference origin by yourself!

What am I missing? I don't think the unfolding routine only applies to integer supercells. Could you please provide me with some hint and help?
Thank you very much!

Antonio

Here is my input file for the unfolding:



System.CurrrentDirectory        ./
System.Name                    MoS2_sc
level.of.stdout                  1
level.of.fileout                  1

Species.Number                    2
<Definition.of.Atomic.Species
  S    S7.0-s2p2d1f1    S_PBE19
  Mo    Mo7.0-s3p2d2      Mo_PBE19
Definition.of.Atomic.Species>

Atoms.Number                      63
Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit  Ang
<Atoms.SpeciesAndCoordinates
  1    S        6.9574281    10.8453293    12.5796000    3.0  3.0
  2    S      15.3058743    12.0503659    12.5796000    3.0  3.0
  3    S        1.7394666      0.6027713    12.5796000    3.0  3.0
  4    S      17.3929858      6.0253095    12.5796000    3.0  3.0
  5    S      15.3058743      3.6153628    12.5796000    3.0  3.0
  6    S      13.2186897      1.2052896    12.5796000    3.0  3.0
  7    S      18.4367973    11.4478476    12.5796000    3.0  3.0
  8    S      16.3495397      9.0379009    12.5796000    3.0  3.0
  9    S      14.2623550      6.6278277    12.5796000    3.0  3.0
  10    S      12.1753166      4.2177546    12.5796000    3.0  3.0
  11    S      10.0880589      1.8078079    12.5796000    3.0  3.0
  12    S        4.8701704      8.4353826    12.5796000    3.0  3.0
  13    S      13.2187627      9.6404192    12.5796000    3.0  3.0
  14    S      10.0880589    10.2428110    12.5796000    3.0  3.0
  15    S      11.1315781      7.2303460    12.5796000    3.0  3.0
  16    S        5.9137628      5.4227912    12.5796000    3.0  3.0
  17    S        8.0009474      7.8328643    12.5796000    3.0  3.0
  18    S        3.8266512      3.0128445    12.5796000    3.0  3.0
  19    S        4.8702435      0.0002531    12.5796000    3.0  3.0
  20    S        6.9572820      2.4103262    12.5796000    3.0  3.0
  21    S        9.0443935      4.8202729    12.5796000    3.0  3.0
  22    S        4.8701704      8.4353826      9.4204000    3.0  3.0
  23    S      11.1315781      7.2303460      9.4204000    3.0  3.0
  24    S      17.3929858      6.0253095      9.4204000    3.0  3.0
  25    S        1.7394666      0.6027713      9.4204000    3.0  3.0
  26    S        3.8266512      3.0128445      9.4204000    3.0  3.0
  27    S        5.9137628      5.4227912      9.4204000    3.0  3.0
  28    S        8.0009474      7.8328643      9.4204000    3.0  3.0
  29    S        6.9574281    10.8453293      9.4204000    3.0  3.0
  30    S        4.8702435      0.0002531      9.4204000    3.0  3.0
  31    S        6.9572820      2.4103262      9.4204000    3.0  3.0
  32    S        9.0443935      4.8202729      9.4204000    3.0  3.0
  33    S      10.0880589    10.2428110      9.4204000    3.0  3.0
  34    S      13.2187627      9.6404192      9.4204000    3.0  3.0
  35    S      10.0880589      1.8078079      9.4204000    3.0  3.0
  36    S      12.1753166      4.2177546      9.4204000    3.0  3.0
  37    S      15.3058743      3.6153628      9.4204000    3.0  3.0
  38    S      14.2623550      6.6278277      9.4204000    3.0  3.0
  39    S      16.3495397      9.0379009      9.4204000    3.0  3.0
  40    S      18.4367973    11.4478476      9.4204000    3.0  3.0
  41    S      13.2186897      1.2052896      9.4204000    3.0  3.0
  42    S      15.3058743    12.0503659      9.4204000    3.0  3.0
  43    Mo      8.6961642    11.4473415    11.0000000    7.0  7.0
  44    Mo      10.7832757      5.4222851    11.0000000    7.0  7.0
  45    Mo      3.4782757      1.2046570    11.0000000    7.0  7.0
  46    Mo      5.5654604      3.6147302    11.0000000    7.0  7.0
  47    Mo      7.6524988      6.0248034    11.0000000    7.0  7.0
  48    Mo      9.7396104      8.4347500    11.0000000    7.0  7.0
  49    Mo      11.8267950    10.8448232    11.0000000    7.0  7.0
  50    Mo      6.6089796      0.6022652    11.0000000    7.0  7.0
  51    Mo      8.6960911      3.0122119    11.0000000    7.0  7.0
  52    Mo      16.0010912      7.2298399    11.0000000    7.0  7.0
  53    Mo      12.8703873      7.8322317    11.0000000    7.0  7.0
  54    Mo      14.9575719    10.2423049    11.0000000    7.0  7.0
  55    Mo      17.0447565    12.6523780    11.0000000    7.0  7.0
  56    Mo      11.8268680      2.4096936    11.0000000    7.0  7.0
  57    Mo      18.0882027      9.6397866    11.0000000    7.0  7.0
  58    Mo      20.1753873    12.0498598    11.0000000    7.0  7.0
  59    Mo      14.9574989      1.8071753    11.0000000    7.0  7.0
  60    Mo      17.0446835      4.2172485    11.0000000    7.0  7.0
  61    Mo      4.5218680      6.6273216    11.0000000    7.0  7.0
  62    Mo      6.6089796      9.0372683    11.0000000    7.0  7.0
  63    Mo      13.9139066      4.8197668    11.0000000    7.0  7.0
Atoms.SpeciesAndCoordinates>


Atoms.UnitVectors.Unit            Ang
<Atoms.UnitVectors
    14.6100000    0.0000000    0.0000000
    7.3050000    12.6526311    0.0000000
    0.0000000    0.0000000    25.0000000
Atoms.UnitVectors>

scf.restart                  on
orbitalOpt.Force.Skip        on

scf.XcType                    GGA-PBE
scf.SpinPolarization          nc
scf.SpinOrbit.Coupling        on        # On|Off, default=off   
scf.ElectronicTemperature    300.0
scf.energycutoff              220.0
scf.maxIter                  100
scf.EigenvalueSolver          band
scf.Kgrid                    1  1  1
scf.Mixing.Type              rmm-diish #rmm-diisk
scf.Init.Mixing.Weight        0.001
scf.Min.Mixing.Weight        0.0001
scf.Max.Mixing.Weight        0.3
scf.Mixing.History            60
scf.Mixing.StartPulay        40
scf.Mixing.EveryPulay        1 # default=5
scf.criterion                1.0e-7

scf.dftD                    on            # on|off, default=off
version.dftD                  3            # 2|3, default=2
DFTD3.damp                  bj            # zero|bj, default=bj
DFTD.Unit                    AU            # Ang|AU
DFTD.rcut_dftD            100.0            # default=100 (DFTD.Unit)
DFTD.cncut_dftD              40            # default=40 (DFTD.Unit)
DFTD.IntDirection        1 1 1            # default=1 1 1 (1:on 0:off)

<Unfolding.ReferenceVectors
    3.1880000 0.000000  0.000000
    1.5940000 2.760889  0.000000
    0.0000000 0.000000 25.000000
Unfolding.ReferenceVectors>

<Unfolding.Map
1  1
2  1
3  1
4  1
5  1
6  1
7  1
8  1
9  1
10 1
11 1
12 1
13 1
14 1
15 1
16 1
17 1
18 1
19 1
20 1
21 1
22 2
23 2
24 2
25 2
26 2
27 2
28 2
29 2
30 2
31 2
32 2
33 2
34 2
35 2
36 2
37 2
38 2
39 2
40 2
41 2
42 2
43 3
44 3
45 3
46 3
47 3
48 3
49 3
50 3
51 3
52 3
53 3
54 3
55 3
56 3
57 3
58 3
59 3
60 3
61 3
62 3
63 3
Unfolding.Map>

Unfolding.Electronic.Band      on      # on|off, default=off
  Unfolding.LowerBound        -8.0      # default=-10 eV
  Unfolding.UpperBound        8.0      # default= 10 eV

Unfolding.Nkpoint              4
<Unfolding.kpoint
G 0.00000000000 0.00000000000 0.0000000000
K 0.33333333333 0.33333333333 0.0000000000
M 0.50000000000 0.00000000000 0.0000000000
G 0.00000000000 0.00000000000 0.0000000000
Unfolding.kpoint>
Unfolding.desired_totalnkpt    30
e
Page: [1]

Thread Title (must) Move the thread to the top
Your Name (must)
E-Mail (must)
URL
Password (used in modification of the submitted text)
Comment (must)

   Save Cookie