Top Page > Browsing
NEB convergence , climbing image
Date: 2024/05/16 10:20
Name: Roozbeh Anvari   <roozbeh.anvari@gmail.com>
References: .


Dear developers,

I am calculating the diffusion path of Au in the  Au(111)-MoS2 heterostructure,

Here is the setup for the NEB section that I am using

MD.Type                    NEB        # Nomd|Opt|DIIS|NVE|NVT_VS|NVT_NH
MD.Opt.DIIS.History          5        # default=7
MD.Opt.StartDIIS            10        # default=5
MD.maxIter                  100        # default=1
MD.TimeStep                0.5        # default=0.5 (fs)
MD.Opt.criterion          5.0e-3      # default=1.0e-4 (Hartree/bohr)
MD.NEB.Number.Images        7          # default=10


at step 85 of MD
#    iter  SD_scaling    |Maximum force|  Maximum step        Norm        Sum of Total Energy of Images
#                          (Hartree/Bohr)        (Ang)      (Hartree/Bohr)      (Hartree) 
    85          0.54424108      0.00482951      0.08110827      0.01677997    -78444.13287724

I get the following energies

# 1st column: index of images, where 0 and MD.NEB.Number.Images+1 are the terminals
# 2nd column: Total energy (Hartree) of each image
# 3rd column: distance (Bohr) between neighbors
# 4th column: distance (Bohr) from the image of the index 0
# 5th column: x distance
#
    0  -11206.24846256      0.00000000      0.00000000      2.93436040
    1  -11206.28249885      2.10951039      2.10951039      2.93723625
    2  -11206.28664274      2.13137426      4.24088465      2.95924740
    3  -11206.28284676      2.13749215      6.37837680      2.96745226
    4  -11206.29860027      2.11247024      8.49084704      2.95796842
    5  -11206.32684510      2.09525600      10.58610304      2.94910056
    6  -11206.33016511      2.09598029      12.68208333      2.94904631
    7  -11206.32527841      2.10905510      14.79113843      2.95098148
    8  -11206.29160549      2.13170272      16.92284115      2.90698192

Here I am wondering why the calculated reaction path is downhill, can this be due to the small basis functions I am using ?

since the climbing image method is not yet available in OpenMX, I tried  addressing this issue by increasing the number of images, but no success


Thank you for your help in advance
Best regards
Roozbeh
UT Austin,

===========================================================================
File Name      , MoS2, standard accuracy,

System.CurrrentDirectory        ./   
System.Name                      Au111
level.of.stdout                  1    # default=1 (1-3)
level.of.fileout                  0    # default=1 (0-2)
DATA.PATH    ~/openmx/DFT_DATA19

#
# Definition of Atomic Species
#  medium accuracy
#----------------------------------
#
#Species.Number      4
#<Definition.of.Atomic.Species
# Mo Mo7.0-s3p2d2  Mo_PBE19
# S  S7.0-s2p2d1f1 S_PBE19
# Au Au7.0-s3p2d2f1 Au_PBE19
#  E  S7.0-s2p2d1f1  E
#Definition.of.Atomic.Species>

#---------------------------------
#  low accuracy
Species.Number      4
<Definition.of.Atomic.Species
  Mo Mo7.0-s3p2d1  Mo_PBE19
  S  S7.0-s2p2d1  S_PBE19
  Au Au7.0-s3p2d2  Au_PBE19
  E S7.0-s2p2d1  E
Definition.of.Atomic.Species>



# Atoms
#
#-------------------------------------------------------------------------------------------------
Atoms.Number    131
Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit  Ang # Ang|AU
<Atoms.SpeciesAndCoordinates
  1  Au    2.83138302604361    1.73108210094914  28.46233923087713    8.5    8.5
  2  Au    5.76574342385831    6.82768690526611  28.47513055220941    8.5    8.5
  3  Au    8.70830206489864    1.74538070592206  28.46987631226948    8.5    8.5
  4  Au  11.63291860726955    6.82284401151593  28.49812624322034    8.5    8.5
    ...
131    S  10.18532106188998    3.41780670656095  34.30239475438533    3.0    3.0
Atoms.SpeciesAndCoordinates>



Atoms.UnitVectors.Unit  Ang
<Atoms.UnitVectors
  0.000000000000000  0.000000000000000  77.000000000000000
11.755499839800001  0.000000000000000  0.000000000000000
  5.877749919900000  10.180561495399999  0.000000000000000
Atoms.UnitVectors>




#-------------------------------------------------------------------------------------------------
#
# SCF or Electronic System
#

scf.XcType                  GGA-PBE    # LDA|LSDA-CA|LSDA-PW|GGA-PBE
scf.SpinPolarization        Off        # On|Off|NC
scf.ElectronicTemperature  600.0      # default=300 (K)
scf.energycutoff          150.0      # default=150 (Ry)
scf.maxIter                100        # default=40
scf.EigenvalueSolver      band        # DC|GDC|Cluster|Band
#
scf.Kgrid                1  1  1      # means n1 x n2 x n3 , 
scf.Mixing.Type          rmm-diisk    # Simple|Rmm-Diis|Gr-Pulay|Kerker|Rmm-Diisk
scf.Init.Mixing.Weight    0.010      # default=0.30
scf.Min.Mixing.Weight      0.01        # default=0.001
scf.Max.Mixing.Weight      0.100      # default=0.40
scf.Mixing.History          30        # default=5
scf.Mixing.StartPulay      10        # default=6
scf.criterion            1.0e-6      # default=1.0e-6 (Hartree)
#------------------------------------------------------------------------------------------------

ESM.switch                  on2      # off, on1=v|v|v, on2=m|v|m, on3=v|v|m, on4=on2+EF
ESM.potential.difference    0.0      # default=0.0 (eV)
ESM.wall.switch              off
ESM.wall.position            6.0      # default=10.0 (ang)  , 
ESM.wall.height            100.0      # default=100.0 (eV)
ESM.buffer.range            10      # default=10.0 (ang)
ESM.direction          z              # x|y|z, default=x
                                     

#-----------------------------------------
scf.dftD                    off            # on|off, default=off
version.dftD                  3            # 2|3, default=2
DFTD3.damp                  bj            # zero|bj, default=bj
DFTD.Unit                    AU            # Ang|AU
DFTD.rcut_dftD            100.0            # default=100 (DFTD.Unit)
DFTD.cncut_dftD              40            # default=40 (DFTD.Unit)
DFTD.IntDirection        1 1 1            # default=1 1 1 (1:on 0:off)

  <DFTD.periodicity
    1    1
    2    1
    3    1
    4    1
  ...
  131    1
  DFTD.periodicity>


#-------------------------------------------------------------------------------------------------
                                      # RFC5 Cell vectors and internal coordinates are simultaneously optimized without any constraint by using a combination scheme of the rational function (RF) 
MD.Type                    NEB        # Nomd|Opt|DIIS|NVE|NVT_VS|NVT_NH
MD.Opt.DIIS.History          5        # default=7
MD.Opt.StartDIIS            10        # default=5
MD.maxIter                  100        # default=1
MD.TimeStep                0.5        # default=0.5 (fs)
MD.Opt.criterion          5.0e-3      # default=1.0e-4 (Hartree/bohr)
MD.NEB.Number.Images        7          # default=10



<NEB.Atoms.SpeciesAndCoordinates
  1  Au    2.83771087756819    1.79749694177575  28.47887026981494    8.5    8.5
  2  Au    5.74469280027430    6.91127679483002  28.48694222025170    8.5    8.5
  3  Au    8.73596661718100    1.87237261377329  28.48340147247980    8.5    8.5
  4  Au  11.68148947873468    6.94514825432994  28.44306687138623    8.5    8.5
..
130    S  13.06455291390293    4.85838939821117  34.27985273955685    3.0    3.0
131    S  10.20080413672164    3.18296603646934  34.29492564172693    3.0    3.0
NEB.Atoms.SpeciesAndCoordinates>
e
Page: [1]

Thread Title (must) Move the thread to the top
Your Name (must)
E-Mail (must)
URL
Password (used in modification of the submitted text)
Comment (must)

   Save Cookie