Top Page > Browsing
Error in NEGF lead calculation
Date: 2023/12/20 17:50
Name: P. Li

Hi,everyone,I want to do a NEGF calculation in which the lead and the scattering region contain one layer of 2D material and metals, in my .dat file, I had such input contents:


#
# Definition of Atomic Species
#

Species.Number      4
<Definition.of.Atomic.Species
Co  Co8.0H-s2p1d1    Co_PBE19H
Pt  Pt9.0-s1p1d1    Pt_PBE19
B  B8.0-s1p1        B_PBE19 
N  N6.0-s1p1        N_PBE19
Definition.of.Atomic.Species>


NEGF.output_hks    true
NEGF.filename.hks  left-lead.hks

#
# Atoms
#

Atoms.Number      16
Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit  Ang # Ang|AU
<Atoms.SpeciesAndCoordinates
1  Co    0.000000000        1.391295671        7.056669712      10.0  7.0
2  Co    1.391468763        3.801390409        7.056669712      10.0  7.0
3  Co  -1.391469121        3.801390409        7.056669712      10.0  7.0
4  Co    2.596367121        3.049269915        9.034641266      10.0  7.0
5  Co    1.253804564        0.723884404        9.034641266      10.0  7.0
6  Co    3.938929081        0.723884404        9.034641266      10.0  7.0
7  Pt    0.000000000        2.998025656        9.020135880      8.0  8.0
8  Pt    2.596366882        1.499012828        7.015049934      8.0  8.0
9  B    0.000000000        0.000000000        11.128844261      1.5  1.5
10 B    -1.296001077        2.249779463        11.187797546      1.5  1.5
11 B    0.000000000        4.494518757        11.187797546      1.5  1.5
12 B    1.296000719        2.249779463        11.187797546      1.5  1.5
13 N    1.299963951        0.750534594        11.242408752      2.5  2.5
14 N    0.000000000        2.998025894        11.367783546      2.5  2.5
15 N    3.892769337        0.750534594        11.242408752      2.5  2.5
16 N    2.596366882        2.995969772        11.242408752      2.5  2.5
Atoms.SpeciesAndCoordinates>                                 
Atoms.UnitVectors.Unit            Ang # Ang|AU             
<Atoms.UnitVectors                                           
          5.1927332878        0.0000000000        0.0000000000
          -2.5963666439        4.4970389423        0.0000000000
          0.0000000000        0.0000000000        20.0000000000                 
Atoms.UnitVectors>   

                                                                                 
#                                                                               
# SCF or Electronic System                                                       
#                                                                               
                                                                                 
                                                                                 
scf.XcType                GGA-PBE    # LDA|LSDA-CA|LSDA-PW|GGA-PBE             
scf.SpinPolarization        NC          # On|Off|NC                             
scf.SpinOrbit.Coupling      On          # On|Off, default=off                   
scf.ElectronicTemperature  300.0      # default=300 (K)                         
#scf.energycutoff          200.0      # default=150 (Ry)                       
#scf.Ngrid                  140 140 100  # about=200 (Ry)                       
scf.maxIter                100        # default=40                             
scf.EigenvalueSolver      Band    # DC|GDC|Cluster|Band                       
scf.lapack.dste            dstevx      # dstegr|dstedc|dstevx, default=dstegr   
scf.Kgrid                  32 2 1      # means n1 x n2 x n3                   
scf.Mixing.Type          rmm-diisk    # Simple|Rmm-Diis|Gr-Pulay|Kerker|Rmm-Diisk
scf.Kerker.factor          10.0        # default=1                               
scf.Init.Mixing.Weight    0.1      # default=0.30                             
scf.Min.Mixing.Weight      0.01      # default=0.001                           
scf.Max.Mixing.Weight      0.4      # default=0.40                             
scf.Mixing.History          40      # default=5                                 
#scf.Mixing.StartPulay      10      # default=6                               
#scf.Mixing.EveryPulay        1          # default=6                             
scf.criterion            1.0e-6      # default=1.0e-6 (Hartree)               
                                                                                 
#                                                                               
# MD or Geometry Optimization                                                   
#                                                                               
                                                                                 
MD.Type              Nomd    # Opt|EF|BFGS|RF|DIIS                             
MD.Opt.DIIS.History  18    # default=3                                         
MD.Opt.StartDIIS      6    # default=5                                         
MD.Opt.EveryDIIS      5    # default=10                                         
MD.maxIter            2000  #                                                   
MD.Opt.criterion    1.0e-4  # default=1.0e-4 (a.u.)                             
                                                                                 
                                                                                 
#                                                                               
# Band dispersion                                                               
#                                                                               
                                                                                 
Band.dispersion              off      # on|off, default=off                     
#<Band.KPath.UnitCell                                                             
#            5.1927332878        0.0000000000        0.0000000000           
#          -2.5963666439        4.4970389423        0.0000000000           
#            0.0000000000        0.0000000000        20.0000000000           
#Band.KPath.UnitCell>                                                             
                                                                                 
Band.Nkpath                2                                                   
<Band.kpath                                                                     
  301  0.0 0.0 0.0  0.33333333333333333333 0.3333333333333333333333 0    G  M 
  301  0.5 0.0 0.0  0.33333333333333333333 0.3333333333333333333333 0    M  K 
Band.kpath>                                                                     




However, I've got the following error messages:

TRAN_Check_Region_Lead()

TRAN_Check_Region_Lead()

The length between atomA=2 and atomB=3 is too short for the transport calculation.
distance=14.366696 rcutA=8.000000 rcutB=8.000000


ERROR: PAOs of lead atoms can overlap only to the next nearest region.

The coordinates of atoms are fully relaxed structure from VASP software. I can't understand what kind of Lead should be set in OpenMX,

Could anyone help me with this?



e
Page: [1]

Thread Title (must) Move the thread to the top
Your Name (must)
E-Mail (must)
URL
Password (used in modification of the submitted text)
Comment (must)

   Save Cookie