Ver. 3.6までの旧バージョンはFFTW2とFFTW3の両方に対応していましたが、OpenMX Ver. 3.7ではFFTW3のみが使用可能です。 makefile中で以下のように指定することでFFTW3とリンクすることができます。
LIB = -L/usr/local/lib -fftw3 -llapack -lblas -lg2c -static
